README.md

Formationn Singularity
        Formation et accompagnement au Calcul, au Cloud et à Kubernetes, Sète 2023      

Singularity      Mesocentre   

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Bienvenue à l'atelier Singularity, notre but est de vous donner un aperçu de ce qu'il est possible de faire avec les images Singularity.

Quick start: https://docs.sylabs.io/guides/3.9/user-guide/quick_start.html

• Vous allez découvrir comment créer une image, la lancer simplement et aller un peu plus loin dans son utilisation. Suivant votre avancée dans l'utilisation de Singularity, vous pourrez naviguer sur les différents TPs proposés.

• Voici un tutoriel officiel pour démarrer avec singularity sylabs.io user-guide

• Documentation Singularity singularity hub doc

• Lien vers les dépos d'images Singularity des packages conda galaxyproject

• Lien vers exemples de recettes et d'images Singularity sur la forgemia (utilisation CI/CD) https://forgemia.inra.fr/gafl/singularity

Pré-requis :

Local: Un Linux ou une vm Linux basée sur Debian.

Remote: Une machine virtuelle Linux a été créée sur le SI INRAE de Montpellier accessible via ssh:

ssh <mylogin>@195.221.108.97

Il vous faut donc un client SSH capable de s'y connecter. Sous Windows, vous pouvez utiliser l'utilitaire: MobaXTerm ou Putty

Sous Linux et Mac, SSH est disponible sur votre OS à l'aide du terminal.

Pour le TP9 exemple de container avec une application X11, vous pouvez utiliser x2go client ou MobaXTerm

Tous les fichiers mentionnés dans les TP sont disponibles sur le Gitlab de la forgeMIA: atelier-singularity Vous pouvez également en faire un clone sur votre espace de travail (conseillé):

git clone https://forgemia.inra.fr/formationcalcul2023/formation-singularity.git

Pour une brève introduction: Singularity_introduction.adoc

Singularity on the forgemia: https://forgemia.inra.fr/singularity GAFL Avignon: https://forgemia.inra.fr/gafl/singularity Inter-Cati-omics: https://forgemia.inra.fr/inter_cati_omics

1) TP1 Installation de Singularity

Exemple de Singularity version 3.9.2 sur un Debian 11 Vous pouvez retrouver un TP qui explique comment installer Singularity à partir d'une machine linux ou bien d'une VM. Le script shell installe Singularity en 3 étapes:

• 1. Installation des dépendences
• 2. Go language
• 3. compilation et installation de Singularity