Rédaction de documents en Rmarkdown et Quarto

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Description : La formation est une initiation à la création de rapports de recherche reproductibles et dynamiques à l’aide de Rmarkdown et/ou Quarto. Elle permet d’automatiser la génération de documents intégrant code, résultats et interprétation, et facilite la diffusion en ligne des analyses de données biologiques.

Objectifs : À la fin de la formation, vous serez capable de :

• Créer des rapports dynamiques combinant code, visualisations et texte narratif, prêts pour la publication ou le partage avec des collaborateurs.
• Automatiser la mise à jour de vos analyses et rapports, en garantissant reproductibilité et cohérence.
• Publier vos rapports en ligne pour une diffusion optimale de vos résultats.

Mots-clés : Reproductibilité, rapports dynamiques, Rmarkdown, Quarto, visualisation de données, communication scientifique, automatisation, publication en ligne.

Notions abordées :

• Structure et syntaxe de base des documents Rmarkdown/Quarto.
• Intégration de code R/Python, de sorties graphiques et de texte formaté.
• Personnalisation de la mise en page et export vers différents formats (PDF, HTML, Word).
• Publication en ligne : création de sites web, blogs ou livres interactifs à partir de vos rapports.
• Bonnes pratiques pour la gestion des dépendances et la diffusion des rapports.

Pré-requis : Connaissances de base en R ou Python. Aucun pré-requis spécifique à Rmarkdown ou Quarto n’est nécessaire.

Durée de la formation : 1 jour

Dates : 21 septembre 2026

Lieu : IMT

Salle Johnson, Institut de Mathématiques, Campus Université Paul Sabatier, 118 Route de Narbonne, Batiment 1R1, 95 rue Sébastienne Guyot 31062 TOULOUSE Cedex